Elk jaar neemt aantal slachtoffers toe in de drugsoorlog op de grens van Mexico en Amerika. De overheid blijkt niet in staat te zijn hier iets aan te doen. Regisseur Matthew Heineman volgt aan beide kanten van de grens een groep die de strijd aanbindt met de drugskartels. Dr. Jose Mireles is arts in een kleine stad in de Mexicaanse deelstaat Michoacán. 'El Doctor', zoals hij bekend staat, komt met de organisatie 'Autodefensas' in opstand tegen het geweld van de Tempeliers, een drugskartel dat de regio terroriseert.

Aan de andere kant van de grens, in Altar Valley, een smalle, lange woestijnstrook in Arizona staat de Amerikaanse veteraan Tim 'Nailer' Foleyeen aan het hoofd van 'Arizona Border Recon', een kleine paramilitaire groep die wil voorkomen dat de drugsoorlog in Mexico de grens overkomt. Hij spoort Mexicaanse immigranten en smokkelaars op en levert ze uit aan de autoriteiten.

Filmmaker Matthew Heineman volgt 'El Doctor', Tim Foley en het drugkartel en laat zien hoe deze drie groepen proberen hun eigen opvattingen over rechtsspraak uit te voeren in een maatschappij waar de instituties hierin falen. Maar dan blijkt hoe moeilijk het onderscheid tussen goed en kwaad kan zijn wanneer je het recht in eigen hand neemt.