Met het einde van de Tweede Wereldoorlog kwam erin Nederlands-Indië niet een einde aan het oorlogsgeweld. Er brak met name op Java en Sumatra een nieuwe geweldsgolf uit, gericht tegen het herstel van het Nederlands gezag. Op 17 augustus 1945 riep Soekarno de onafhankelijkheid van Indonesië uit.
De Nederlandse regering accepteerde de Republiek Indonesië niet, maar had tot maart 1946 geen militaire middelen om het koloniale bewind op Java en Sumatra te herstellen. Ook de Republiek kende weinig organisatie. Het leidde tot veel geweld tegen met name iedereen die verdacht werd van sympathieën voor Nederland: Indo-Europeanen, Chinezen, Molukkers en Indonesiërs. Deze uiterst gewelddadige periode staat ook wel bekend als de Bersiap. Het gebruik van die term staat de laatste jaren echter ter discussie.
Toen Nederland na maart 1946 het gezag op Java en Sumatra ging herstellen, ontwikkelde zich een koloniale oorlog, waarbij Nederland uiteindelijk 200.000 burgers en militairen zou inzetten. Ook deze periode ging gepaard met veel geweld en zou eindigen met de soevereiniteitsoverdracht op 27 december 1949 aan de Verenigde Staten van Indonesië. Het leidde tot een enorme exodus van bijna 350.000 Indo-Europeanen, Chinezen en Molukkers.